ADVANCES IN REFERENCE GENE VALIDATION FOR GENE EXPRESSION STUDIES IN CASSAVA (Manihot esculenta Crantz): AN OVERVIEW OF THE MAIN GENES AND STUDIED CONDITIONS

AN OVERVIEW OF THE MAIN GENES AND STUDIED CONDITIONS

Authors

DOI:

https://doi.org/10.20873/saberesemcirculacao3

Abstract

ABSTRACT:

Reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR) is widely used in gene expression studies, with the proper selection of reference genes being essential to ensure result reliability. This study analyzed the available literature to identify the most commonly studied, selected, and validated reference genes in gene expression research in cassava (Manihot esculenta Crantz). Through a bibliographic survey, five publications on the selection and validation of reference genes in cassava were analyzed. A total of 55 gene evaluations were conducted across the analyzed studies, considering that some genes were investigated more than once. The results indicated that the genes PP2A, UBQ10, GTPb, EF1, TUB, TBP, NAC, HisD, 26S, and ZFP are among the most stable in the selected studies. Among them, the PP2A and GTPb genes stand out as the most stable in three and two studies, respectively. In contrast, widely used genes such as ACT and GAPDH were not validated in any of the analyzed studies when considering all samples from each experiment. The geNorm and NormFinder algorithms were the most frequently used to assess the stability of reference genes, while RefFinder was employed in only one study. This review highlights the importance of experimental validation specific to cassava and suggests that adopting multiple analysis tools may enhance the accuracy and reliability of gene expression studies.

Keywords: RT-qPCR, Normalization, Gene Expression.

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2025-12-19 — Updated on 2025-12-19

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Gomes de Oliveira, J. R., Pontes Araújo, I., Aparecida Ságio, S., Almeida Lima, A., & Barreto, H. G. (2025). ADVANCES IN REFERENCE GENE VALIDATION FOR GENE EXPRESSION STUDIES IN CASSAVA (Manihot esculenta Crantz): AN OVERVIEW OF THE MAIN GENES AND STUDIED CONDITIONS: AN OVERVIEW OF THE MAIN GENES AND STUDIED CONDITIONS. DESAFIOS - Revista Interdisciplinar Da Universidade Federal Do Tocantins, 12(7), 247–265. https://doi.org/10.20873/saberesemcirculacao3

Issue

Vol. 12 No. 7 (2025): Saberes em circulação

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Copyright (c) 2025 Jaderson Roney Gomes de Oliveira, Ivo Pontes Araújo, Solange Aparecida Ságio, André Almeida Lima, Horllys Gomes Barreto

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