Conflito de interpretação e desequilíbrio de ligação em variantes en-contradas nos genes BRCA1 e BRCA2
DOI:
https://doi.org/10.20873/jbb.uft.cemaf.v9n2.grossoPalabras clave:
bioinformática, BRCA1 e BRCA2, desequilíbrio de ligaçãoResumen
Este estudo teve como objetivo analisar variantes encontradas nos genes BRCA1 e BRCA2 com intuito de comparar as diferentes predições in silico de ferramentas distintas, além de investigar variantes candidatas à desequilíbrio de ligação (LD). Para as análises in silico foram utilizados os programas ClinVar, SIFT, PolyPhen2, VEP, PROVEAN e Fathmm-MKL. A investigação da LD foi feita pelo programa Linkage Disequilibrium Calculator. Observou-se 60 variantes distintas, predominando as trocas nucleotídicas de T>C. Os programas SIFT, PolyPhen2 e PROVEAN apresentaram semelhanças quanto ao grau de patogenicidade determinado em cada variante. O VEP, o Fathmm-MKL e o ClinVar apresentaram resultado de predição para maior parte das variantes analisadas. A partir das 16 variantes com suspeita de LD, selecionadas manualmente, foram confirmadas 33 LD quando analisadas aos pares. A combinação das variantes em LD resultou na categorização de 5 grupos. As variantes genéticas observadas em nossa amostra são encontradas com maior frequência na América, Sul da Ásia e Leste Asiático, na África e na Europa. A associação do fenótipo do paciente com seu genótipo e as informações epidemiológicas das variantes encontradas no câncer, assim como informações sobre o prognóstico e tratamento associados, podem proporcionar melhor qualidade de vida, entendimento das doenças e de fatores evolutivos associados.
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